自动化学院作为南京理工大学的主要院系之一，是中国兵工学会自动控制专业委员会和江苏省系统工程学会挂靠单位，是江苏省自动化学会的副理事长单位。平均每年举办学术讨论会30场以上。多次主办/承办国内、国际学术会议。自动化学院致力于创造一流的学科专业，一流的师资队伍，一流的创新人才，不断开拓发展着令人可喜的新局面。
自动化学院学术氛围浓厚、教风严谨、学风踏实，在各项教学环节中以培养高素质创新型人才为目标，注重理论与实际联系，注重强电与弱电结合，注重硬件与软件并重，在历次江苏省数学、物理竞赛以及全国数模竞赛中多人次获奖。学生就业形势好，考取研究生比例高。学院下设三个3个专业系（自动控制系、信息工程系、电气工程系），电工教研部和6个研究所（自动化研究所、系统工程研究所、测控技术研究所、C3I系统研究所、智能控制研究所、过程控制研究所），校电力电气实验中心1个、5个学科和专业实验室。
其自动控制系由自动化专业及自动化研究所构成，自动化专业为江苏省品牌专业，具有一支教学、实验与科研相结合的高水平师资队伍。毕业生系统观念强、基础扎实、知识面宽、动手能力强，受到用人单位的高度评价，许多学生毕业后很快成为单位的业务和管理骨干。自动化研究所目前承担有国家自然科学基金、 863 计划、江苏省自然科学基金以及运动控制系统及过程控制系统方面的科研项目，获得发明专利授权 3 项。
目前，自动化学院师生正以崭新的面貌迎接新世纪的挑战，不断开拓进取与时俱进，为再创辉煌而努力奋斗。
