截至目前，中国水污染防治建立了包括《水污染防治法》等的10余项环境保护行政法规和55项水污染物排放标准体系。但是，水污染防治政策目标亟待改进，表现在以下几个方面。
第一，《水污染防治法》中提出“保护和改善环境，保障饮用水安全”。但是，该表述比较模糊，并未提出比较明确的水污染防治目标，并没有规定将水环境质量标准作为考核政府绩效的依据。
第二，由于法律没有确立保护地表水水质的目标，相关的水污染防治规划对水质的要求也较为宽松。《国家环境保护“十二五”规划》提出的水环境保护目标是“城乡饮用水水源地环境安全得到有效保障，水质大幅提高”。
第三，尽管中国针对重点流域的规划数量日益增加，但是也存在规划实施状况较差，控制目标没有达到、投资额不能到位和项目实施率较低等现象(张远等，2007年)。具体说来，一方面，水环境质量目标制定中对水污染治理的长期性、复杂性和艰巨性认识不足?熏一定程度上脱离实际，对各级政府的资金保障能力缺乏相对客观的分析?鸦 另一方面，在实际执行中，受地方财力的限制，各级政府对水污染治理工作的力度不够。这使得很多水污染防治规划目标没有实现。
——水价改革不到位，市场机制难以发挥有效作用
尽管从2002年修订的《水法》颁布以来，中国供水价格体系的构成、定价机制在逐步完善，水价也多次调整。但是，普遍认为，中国目前的水价改革仍不到位，水价总体水平偏低，水价没有真实反映水资源价值和市场供求关系。具体表现在以下几个方面。
第一，中国的水资源费和排污收费的征收标准普遍较低，远低于生产或处理成本，并未体现水资源取用和水污染物排放的全部成本。有研究表明，2010年全国 30个省市地表生活用水，除北京市水资源费标准超过1元/立方米外，66%以上省份的水资源费标准在0.1元/立方米以下，大多数省市水资源费整体水平都较低(王敏，2012年)。北京目前平均水价是4.97元/立方米(含居民用水和其他各类用水)，其中污水处理费仅为1.32元/立方米，低于实际污水处理成本。
第二，供水价格结构不合理。中国水价是由4个收费项目组成的整体，包括：水资源费、自来水费、污水处理费、排污收费，但是其结构并不合理，突出表现在水资源费和排污收费在综合水价中所占比重很小，2009年二者的比重分别为12.8%和3.6%(马中等，2012年)。与此同时，中国水费的实际征收情况并不理想，征收率低和漏征严重成为困扰水价政策有效执行的难题。
第三，水价体系中的比价、差价关系尚不合理，各类供水价格水价关系尚未拉开。突出表现在，工业水价虽然高于居民用水，但是从全国平均水平来看，高出的幅度仍然偏小(张英等，2014年)。
——水污染物总量控制制度亟待优化
第一，总量控制的污染范围有待进一步扩大。“十一五”、“十二五”期间，COD、氨氮先后被作为总量约束指标，并取得了积极进展。但是总量控制的污染物种类未考虑总磷、总氮等水污染物。
第二，总量控制指标的分配方法有待进一步完善。普遍认为，目前的水污染总量控制制度没有较好地考虑地区差异、环境容量和环境承载力等因素，差异化程度不够。
第三，与总量控制密切相关的排污许可证制度尚未有效建立。更进一步讲，中国的环境监管能力亟待提高，与总量控制、排污许可制度相匹配的监测、报告与核查能力不足。
——排污收费制度亟待完善，征收范围和标准亟待调整
第一，排污费征收标准较低。现行的排污费征收标准没有按照企业污染治理的边际成本来设计，征收标准较低，远低于环境污染治理投入，难以发挥抑制排污的作用。
第二?熏排污费征收对象范围过窄。目前，排污费征收主要集中于工业企业，对畜禽养殖业、小型企业和第三产业排污费征收的力度重视不够。
第三，排污收费制度亟待与其他环境政策工具统筹衔接。从抑制污染物排放的角度，对于纳入总量控制内的污染物，排污收费制度已被强有力的总量控制制度逐步替代。从目前了解的情况来看，排污收费制度与总量控制制度、排污权交易制度在统筹衔接上存在一定的问题。
——水污染物排污许可制度进展缓慢，亟待破题
第一，国家层面的《排污许可证管理条例》尚未出台。尽管中国从1988年开始试点排污许可证制度，但实施效果不佳，至今该制度尚未有效建立。《排污许可条例》自2008年发布征求意见稿以来，至今并未出台，导致地方在具体实施排污许可制度过程中缺少依据。由于没有国家层面统一的排污许可证管理办法或技术指南，使得排污许可证的关键环节，包括范围、种类、许可量核定方法等不统一。
第二，各地排污许可证制度流于形式。实证研究表明，各级地市在排放许可证试点中重发证、轻管理和监督现象较普遍。多数地市只能做到审核与发证，无法对排污者进行有效监管，使排放许可证制度流于形式，只停留在注册登记层面。
第三，排污许可证制度法律基础不完善。排污许可证制度是中国环境保护的基本制度之一，但目前就适用的法律来看，排污许可证制度面临着法律体系不完善，处罚力度弱等问题。
——水污染物排污权交易制度尚未发挥作用，面临多种障碍和困难
中国尽管从20世纪90年代开展了排污权交易试点工作，但是效果并不明显，且其有效运转并发挥作用的前景堪忧，事实上目前中国并没有形成严格意义上的排污权交易市场。文献调研和实证研究普遍认为，中国建立排污权交易市场面临以下几方面的困难。
第一，排污权交易需要和其他环境政策工具衔接。排污权交易政策要有效发挥作用，需要与排污收费、污水处理收费、排污许可证等其他政策工具进行精巧地系统设计及衔接。从目前的实践来看，水污染排污权交易试点虽然已经将排污许可证制度作为排污权管理的基础，但还是存在排污权有偿使用和交易与排污许可证许可排放量衔接方式不当等问题。
第二，水污染物排放难以实现跨区域交易。现行总量控制制度下，总量指标依据行政区划，从“省—市—县”方式逐级分解至地方政府。与此同时，在目标责任制及相应的考核中，对“节能减排”中的“约束性”指标，国家实行“一票否决”，使得各个地方政府“惜售”本辖区的排污指标。由于政府是当前排污权交易市场的主导者，可以干预交易行为，致使跨区域的排污权交易陷入僵局。
第三，在排污权交易体系的设计上存在问题。比如，中国排污权有偿使用与交易实践对“效率”关注度不够，对一级市场与二级市场不同特征及价值无清晰认识，在排污权指标管理中存在“结构性”失衡。
第四，作为排污权交易基础的排污许可证制度尚未建立，排污许可证制度整体滞后。
第五，污染物排放监管能力不足，难以支撑水污染物排污权交易。由于中国污染物排放监测、报告与核查的基础相对薄弱，致使环保部门难以掌握排污单位的真实排放数据，这直接影响排污交易市场的建立，对水污染物交易市场的有效运行提出了重大挑战。
——水污染治理市场不完善，市场效率有待提高
环保融资及污染第三方治理是水污染防治的重要方面，但是，从目前的情况来看，存在以下问题。
第一，长期以来，环保市场监管缺位，环保监督执法与市场监管分离，行业自律能力薄弱，造成市场不正当竞争现象十分严重。同时，市场条块分割、地方保护等问题比较突出，影响了统一、开放市场的形成。
第二，治污投资效率低，污染治理市场管理体制改革滞后污染治理的社会化程度低，环境污染第三方治理的市场仍不完善。水污染治理设施投资及运营效率不高。而与此同时，环境保护服务业发展相对滞后，难以为工业污染治理提供良好的支撑。
第三，城市污水处理设施利用效率低。“十一五”以来，全国城镇污水处理能力快速提升。2013年，全国投运的城镇污水处理设施共4136座，总设计处理能力1.61亿立方米/日，平均日处理水量1.26亿立方米。从目前了解的情况来看，城市污水处理设施平均运行负荷率在65%-70%左右(陈中颖等，2009年)。
第四，城镇污染物处理配套基础设施不完善，由于配套管网建设滞后和运行费用不足?熏导致实际污水处理量未能与污水处理能力保持同步增长。
——水污染防治考核制度有待完善
第一，水污染防治的考核设计有待完善。环境保护目标责任制是中国主要的环境问责制度，但目标责任制对考核水质达标的作用有限。根据《水污染防治法》的要求，水环境保护目标是目标责任制的考核项目之一，但是地方往往通过复杂的考核程序弱化水质目标的作用。在一些地方，目标责任制的问责要件繁多，很多“务虚的”工作内容被列为考核指标。总之，目前的水污染防治的目标责任制没有充分考虑水环境质量的改善情况，亟待进一步完善。
第二，水污染防治的考核难以体现水环境质量的改善。从总量减排和主要流域断面水质情况整体上来看，尽管大部分省区的COD排放量在下降，但区域水环境质量并没有明显的改善。
第三，数据难以有效支撑考核。以COD为例，中国COD总量减排的相关数据是根据《主要污染物总量减排核算细则》中的规定计算得出。总量减排核查存在的问题主要包括：有些地方对国家污染减排相关政策、核算方法的认识还不够深入、理解不准确;削减量申报中存在申报不实、重复申报、重复计算等问题;有些减排工程实际减排量难以核实。
水污染防治政策的改进方向
——调整水污染防治的政策目标，从总量减排向质量控制目标转换
逐步建立以水环境质量为核心的水污染防治政策目标，将量化的水质改善目标纳入水污染防治的各类考核制度，鼓励各地制定差异化的、分阶段的水质改善达标计划。
——优化总量控制制度，继续推动水污染物总量减排
深化总量控制制度，逐步扩大总量控制范围，将总磷、总氮等水污染物指标逐步纳入总量控制。优化污染物排放总量分配机制，考虑区域之间的差异，建立指标的调节机制。当前至2020年左右，是中国遏制污染物排放增加的关键时期，应继续扎实推动污染物排放的总量控制制度，巩固主要水污染物减排态势。
——夯实排污许可证制度，为总量控制及排污权交易等相关制度提供有效支撑
进一步推进和深化水污染物排放许可证制度的试点工作。从加强环境监管能力入手，尽快解决排污许可证制度实施中监测、报告、核查等环节存在的关键问题，为排放许可证制度全面推行提供必要的基础和条件。尽快出台国家层面的“排污权许可证制度管理办法”。排污许可证制度是总量控制制度及排污权交易制度的基础和前提，应“做实”真正意义的排污许可证制度，为相关环境政策提供坚实支撑。
——完善排污收费制度，适时推出环境税
从长期看，应进一步明晰排污收费制度的政策目标，推动排污收费由费改税。在费改税的政策设计中，应使排污收费与环境监管的经费保障及地方财权脱钩，同时，建立地方环保部门的经费保障机制。短期内，优化排污收费制度的方向是，扩大排污收费的范围，提高排污收费的标准，鼓励重点地区和重点行业提高排污费征收的标准。排污收费制度应与总量控制制度、排污许可证制度、排污权交易制度进行系统设计，统筹衔接。
——进一步推动水价改革，发挥市场的基础性作用
建立和完善激励相容的机制，推进水价改革，形成合理的价格形成机制。优化水资源费、自来水费、污水处理费、排污收费在综合水价中的结构。水价调整的方向是应逐步体现“全成本”，即包括资源水价、工程水价和环境水价等部分。逐步建立合理的水价形成机制和价格听证制度，形成水价管理的公共决策机制和价格监管机制。充分发挥市场机制在水价形成中的作用，根据发展需要和水环境实际支撑能力，实行阶梯式水价、超定额用水加价等制度，确定再生水价格，鼓励中水回用，严格用水收费制度。
——进一步完善政策和市场环境，积极引导社会资本进入水污染治理市场
明确水污染防治工作中部门间、中央与地方政府间环境保护事权与支出责任。合理划分政府与市场边界，明确水污染治理投入主体和职责分工。修订相关法律法规，明确排污企业和治污企业在污染治理中的责任。建立并完善与环境污染第三方治理相适应的预处理标准体系与相关制度。进一步放开并规范水污染防治领域的市场准入制度，鼓励专业化污染治理公司进入污染治理设施的投资、建设、运行和维护管理等领域。考虑到污水处理行业具有典型的公益属性和自然垄断性，应进一步完善污水处理市场的价格形成机制和监管机制。出台相关的财税、补贴政策，保证环保治理效果与运营者获得合理收益，形成环境治理的良性循环。
——调整水污染防治的重点领域，加大非常规水污染物的减排力度
随着污染源重点的转换，在工业源污染初步得到控制后，应更多关注生活源、农业源的污染控制问题。逐步强化对生活源、农业面源污染的监管。加大城镇污泥、重金属、有机化合物等污染物防治力度。
