食品安全抽样检验是食品安全监督抽检与风险监测的基础性工作，是食品药品监管部门防控食品安全风险、实现科学监管的重要手段。国家食品药品监督管理总局组建后，认真吸收原质检、工商、食品药品监管等部门相关制度建设的有益经验，制定了《食品安全抽样检验管理办法》。
在《办法》制定过程中，国家食品药品监督管理总局坚持问题导向和制度创新，针对原来多环节多部门食品安全抽样检验工作存在的计划分散重复、内容交叉、数据缺乏有效利用等问题，确立了“统一制定计划、统一组织实施、统一数据汇总分析、统一结果利用”的总体思路。在充分调研论证的基础上，对食品安全抽样检验工作的计划、抽样、检验、复检、结果处理、信息发布等进行创新，进一步强化食品生产经营者的主体责任和检验机构诚实守信的义务，增强食品安全抽样检验工作的科学性、规范性，提高食品安全监管工作的权威性和有效性。
《办法》在以下几个方面进行了改革和创新：
一是强化食品生产经营者的主体责任。《办法》要求食品生产经营者应当依法配合食品药品监督管理部门组织实施的食品安全抽样检验工作，同时要求食品生产经营者收到不合格检验结论后，应当立即采取封存库存问题食品，暂停生产、销售和使用问题食品等措施控制食品安全风险。
二是强化食品检验机构的法律义务。《办法》规定承检机构应当对检验工作负责，按照食品检验技术要求开展检验工作，如实、准确、完整、及时地填写检验原始记录，保证检验工作的科学、独立、客观和规范。食品检验机构有伪造检验数据或者出具虚假检验报告，利用抽样检验工作之便牟取不正当利益，未按照规定的时限和程序报告不合格检验结论等行为的，食品药品监管部门可以向社会公布，并在五年内不得委托其承担抽样检验任务。复检机构有非法更换样品、伪造检验数据或者出具虚假检验报告等行为的，食品药品监管部门可以商请有关部门将其从复检机构名录中删除。
三是强化监管部门的主动作为。为切实解决案件查办中遇到的实际困难，加大对违法违规行为的打击力度，《办法》规定在案件稽查、事故调查、应急处置工作中，抽样可以不受抽样数量、抽样地点、被抽检企业是否具备合法资质等限制，检验结论的通报和报告可以不受本办法规定时限的限制，可以采用非食品安全标准等规定的检验项目和检验方法分析查找食品安全问题的原因。
四是完善不合格检验结论的报告通报程序。《办法》规定检验结论不合格的，承检机构应当在检验结论作出后2个工作日内报告组织或者委托实施监督抽检的食品药品监管部门。抽样检验结论表明不合格食品可能对身体健康和生命安全造成严重危害的，食品药品监管部门和承检机构应当按照规定立即报告或者通报。检验结论表明不合格食品含有违法添加的非食用物质，或者存在致病性微生物、农药残留、兽药残留、重金属以及其他危害人体健康的物质严重超出标准限量等情形的，应当逐级报告至国家食品药品监管总局。
五是完善不合格检验结论的复检程序。《办法》规定被抽检的食品生产经营者和标称的食品生产者可以自收到食品安全监督抽检不合格检验结论之日起5个工作日内，依照法律规定提出书面复检申请。复检机构应当在收到备份样品之日起10个工作日内作出复检结论。
六是简化真实性异议的处置程序。《办法》规定食品生产者对抽样产品真实性有异议的，应当自收到不合格检验结论通知之日起5个工作日内，向组织或者实施食品安全监督抽检的食品药品监管部门提出书面异议审核申请，并提交相关证明材料。
七是强化依法调查处理不合格检验结论的职责。《办法》要求地方食品药品监管部门收到监督抽检不合格检验结论后，应当及时对不合格食品及其生产经营者进行调查处理，督促食品生产经营者履行法定义务，并将相关情况记入食品生产经营者食品安全信用档案。
八是完善抽样检验信息的公布程序。《办法》要求国家和省级食品药品监管部门应当汇总分析食品安全监督抽检结果，并定期或者不定期组织对外公布。对可能产生重大影响的食品安全监督抽检信息，县、市食品药品监管部门发布信息前应当向省级食品药品监管部门报告。
国家食品药品监督管理总局要求各地食品药品监管部门认真做好《办法》宣传和贯彻工作，进一步加强食品安全抽样检验工作的科学性、规范性，提高食品安全监管能力和水平。
