9月初，方舟子在微博中称“要创造条件让国人都吃转基因(食品)”，此举让崔永元反感，并引发持续至今的“崔方大战”。其间，崔永元3次自费赴日美调查转基因食品。
崔永元自费调查转基因食品，其本身就是在践行科学精神，用调查来揭示真相，并且以调查的结果作为发言的基础，更何况，这种调查也为广大公众认识转基因食品的真相，提供了比较丰富和可信的信息，其意义不能说不重大。但是，目前崔永元的调查纪录片还未播放，转基因食品的真相恐怕还在路上。
转基因的真相有很多面，现在研究人员还在进行多元、多方面的研究，以求慢慢揭示转基因的真相(原理和规律)。而从长远观点看，人类对转基因的了解还只是皮毛，因此，这里所说的“真相”只集中于两点，一是究竟美国公众是否如一些人所称的，对吃转基因食品是心知肚明或放心地吃了17年;二是转基因食品是否如一些人所说在美国主流科学界没有争议。
崔永元根据其本人和整个团队的调查和采访，就这两个问题得出结论，称一是美国人稀里糊涂地吃了17年转基因食品，根本不是放心地吃;二是转基因食品的安全性在美国主流科学家中有争议。
本着“有调查才有发言权”的原则，崔永元调查得出的两个结论却会让人疑惑——为何一些人要说美国人放心地吃了17年的转基因食品和转基因食品，在美国主流科学界没有争议?如果是不了解情况，情有可原;如果了解情况还这么说，问题就比较复杂。
当然，崔永元的调查从现有情况看，并非没有遗憾，其中之一即，没有采访到政府主管部门，如美国食品和药物管理局(FDA)与美国农业部。这也意味着崔永元这次转基因食品调查还缺少全面性和说服力，也是转基因食品的真相还在路上的理由之一。
不过，这种情况事出有因：第一次是美方主动找到崔永元，但因时间短，崔永元没有安排采访;第二次是崔永元主动申请，但被美方以各种理由拒绝，比如圣诞节临近前政府部门找不到人等。
中国有很大的市场，而且正为转基因食品激烈争论，如果能把美国政府对转基因食品的态度和政策告诉中国人，既能说明转基因的真相和科学原理，又可以向中国推广、推销转基因食品，何乐而不为?仅从这两点来看，美国政府有关部门拒绝采访就不像美国人的做派。
真实原因何在?恐怕还得回到崔永元的调查上来，美国人，像导游、司机、售货员等，一半以上不知道转基因是什么技术、用于食品安不安全，而且一个 NGO组织2005年在美国一个州的调查发现，只有25%的人知道转基因技术。这也意味着，美国的转基因食品在向公众推广时，可能并没有履行“知情同意” 原则，这一原则不仅在科学研究中，在生活中也是非常重要的。
在中国，转基因当然可以研究，转基因食品当然也可以向公众推销，但别忘了两点，一是其安全性应得到保证，二是要让公众知情并允许公众选择。或许，这才是让转基因食品真相尽可能为公众知悉的最好做法。
