按照《国家重大科学仪器设备开发专项资金管理办法(试行)》的规定，基金委每年安排专项资金5亿元，科技部每年安排经费8亿元。2013年度自然科学基金委共受理科学仪器基础研究专款项目480项，经各相关科学部通讯评审，共有40个项目通过评审。
从400万到1.5亿元
100多年来，约1/3的诺贝尔物理学和化学奖奖给了那些在发展科学仪器或测量方法方面有杰出贡献的科学家。加速科学仪器发展已成为世界各国科技投入的重点之一。但我国在科学仪器研制上相对薄弱，关键的高端精密仪器主要依赖进口。
1998年，为加强对科学仪器基础性研究的支持，基金委设立科学仪器基础研究专项。从当年资助5个项目、总经费400万元开始，14年间，这一专项已支持数百个项目，有很多项目取得了不错的成绩，有的打破了技术封锁，有的在产业化上取得初步成绩，还有些在自行研制仪器的基础上作出了重要的科研成果。到了 2009年，科学仪器基础研究专项经费增加到5000万元，2010年资助经费增至1亿元。
“今年科学仪器基础研究项目将达1.5亿元。”基金委计划局一位负责人说，“它和今年启动的国家重大仪器设备研制专项的5亿元是两回事，国家在仪器研制上投入是很可观的。”
科学仪器基础研究项目评审专家陈洪渊院士认为，科学仪器基础研究是一项长期的战略任务，基金委设立科研仪器基础研究专项是有长远目光的，最重要的是，它为仪器研制培养了一批人才。
专项支持提高本土龙头企业的竞争力
2013年度国家重大科学仪器设备开发专项项目是我国增强自主创新能力，推动科学发展，提升竞争实力的又一推动力量。
科技部要求，结合重大科学仪器设备开发的特点，以及我国科学仪器设备产业发展实际，强化风险共担机制，对企业牵头的项目，探索财政资助节点改革。具体方式是先立项，项目前半段主要由承担单位自筹经费实施，专项经费资助10%;经中期评估确认，有继续开发意义的，后半段再主要由专项经费给予支持。根据项目执行进度和绩效，拨付专项经费。
科技部明确提出，仪器专项以市场前景广泛的重大科学仪器设备产品开发和产业化应用为目标。一般的仪器原理和方法研究，商业化前景不明确的仪器开发工作，不属于仪器专项范畴。
