历史上，我国以“两弹一星”、载人航天、杂交水稻等为代表的若干重大项目的实施，对整体提升综合国力起到了至关重要的作用。因此，2006年2 月，国务院发布了《国家中长期科学和技术发展规划纲要(2006-2020)》，在重点领域中确定一批优先主题的同时，围绕国家目标，筛选出若干重大战略产品、关键共性技术或重大工程作为国家科技重大专项，力争取得突破，努力实现以科技发展的局部跃升带动生产力的跨越发展，并填补国家战略空白。
在水污染事件频发的今天，这一重大专项的出台，重要意义不言而喻。
资料显示，水专项总体目标是针对我国水体污染控制与治理关键技术瓶颈问题，通过技术创新和体制创新，构建我国流域水污染治理技术体系和水环境管理技术体系，建立适合我国国情的水体污染控制、水环境质量改善的技术体系，为国家的重点水污染治理工程提供强有力的技术支撑。这个项目要求大幅度削减污染物的负载，示范区的水环境质量要求有明显改善，饮用水安全保障技术明显提高，并为推动流域的整体治理提供技术支撑，以实现水体主要污染物的减排目标。
水专项最终确立以三河(淮河、海河、辽河)、三湖(太湖、巢湖、滇池)、一江(松花江)和一库(三峡水库)为重点实施区域。
国家环境保护部官网信息显示，2009年2月19日，水体污染控制与治理科技重大专项实施启动会议在北京召开。会上，吴晓青副部长代表水专项领导小组组长周生贤进行动员讲话，他指出，水专项是建国以来环境领域最大的科研项目。
资料显示，这一重大科技专项涵盖6个主题、33个项目、总计238个课题，示范工程分布在全国27个省、市、自治区，实施周期长达13年。根据“十一五”实施计划、2008年实施计划，“十一五”期间总投资112.66亿元，其中中央财政投入45.43亿元。
水专项的主要落实单位为国家住房和城乡建设部、环境保护部，环保部吴晓青副部长、住建部仇保兴副部长为水专项行政第一责任人。
实施启动会议上，水专项领导小组副组长、水专项管理办公室主任、住建部副部长仇保兴提出，水专项实施过程中要开展过程监督和绩效考核，实行更加精细的科学管理。
他说，水专项“涉及27个省、市(直辖市)和自治区，上百个县市地方政府，数百家科研院校和企业，近百万科研人员。水专项只有通过建立监督审核制度和奖惩制度，在实施过程中建立分层实施、全过程监督的评估监督体系，充分发挥牵头组织部门和各级地方政府的行政职能，切实发挥独立专家咨询委员会的指导作用，积极引入第三方评估机构发挥其在水质监测、污染物减排、经费使用等方面的监督作用，才能真正取得创新性科研成果和治污实效”。
这说明，水专项的监管问题，一开始就受到了重视。然而，实施过程中，问题却不可避免地发生了。
2012年2月28日，国家水专项管理办公室组织召开“水专项2011年审计情况通报暨2012年重点工作部署会”，国家审计署刘占波处长通报了水专项 2011年审计调查情况，他指出，水专项总体执行情况是好的，但还存在组织管理层级多，部分课题交叉重复，部分课题单位存在违规使用专项资金等问题。刘占波强调，各单位要强化预算和法律两个意识，划清违规和经济犯罪两个界限。
陈英旭案发后，2012年12月13日，水专项2012年监督评估反馈交流会在京召开。水专项第一行政责任人、环境保护部副部长吴晓青强调，要落实好单位法人负责制，加强对科研人员的教育培训，树立预算意识，规范财务制度，进一步规范专项资金的使用。
2013年3月25日、26日，国家水专项办专职副主任王明良赴浙江省就水专项课题实施情况开展专题调研。在浙江大学召开的苕溪课题工作推进座谈会上，他当着浙江大学校领导的面，要求浙江大学以史为鉴，继续做好审计整改工作，组建强有力的团队，积极为苕溪流域水污染控制与治理作出贡献。
据知情人士透露，国家重大专项的钱是“很难花的”，因为审计很严格。曾是水专项项目组负责人的中科院生态环境研究中心研究院田秉辉也在接受媒体采访时称，“一年中，国家、省层次和各部委的抽查审计非常之多”。在中科院，类似的国家专项资金，管理异常严格，每一笔支出都在网上公布，500元以上的报账需部门领导和院里领导签字，最后还要备案。
