疑问一：动车怎样防雷击，本次事故中雷击到底破坏了何种设备？
迄今为止，关于动车追尾事故唯一的解释，来自铁道部新闻发言人王勇平——称初步认定事故原因是雷击造成设备故障导致的。但雷击的位置在哪里，破坏的是供电线路、动力设备还是通讯设备一直没有定论。此前参与京沪高铁电网建设的电力专家曾经表示，由于动车组的接触网导线是裸露的，列车行驶在空旷地带，动车组相对较高，容易导致被雷击。但铁路可通过避雷器将雷电直接引到大地上，起到防雷击的效果。
疑问二：雷击等恶劣天气对动力系统会造成何种影响？
雷击成为事故鉴定方最先想到的解释看似合乎道理。从动车的运行原理上看，电力型动车组是由电力驱动的，在暴风雨等恶劣天气条件下，负责连接高压接触网的受电弓随着车体的高速运动，很难保持与接触网的正常接触，供电质量就会下降，影响列车的正常运行。同时接触网一旦在暴风雨中，原本预设均匀的电压可能发生改变，不能保持恒定的电压。严重情况下会造成供电的中断。另外，自动车乃至高铁开通之日起，由雷击造成的接触网故障甚至列车停运的事件就屡有发生。
疑问三：雷击有没有对D3115的动力系统造成破坏？
据铁道部介绍，事故源自雷击导致D3115次列车停驶，以致后车D301制动不及发生追尾。但是D3115和D301次动车的动力来源均为同一高压接触网，这两列车又同为下行列车，不存在前车失去动力而后车正常运行的可能。然而随后发布的消息又称，动车D3115列车遭遇雷击停车,期间又恢复运行一段时间，紧跟着后车发生追尾，如此看来D3115的动力系统并未遭到破坏。
疑问四：雷击是否破坏了动车的信号系统？
若非雷击破坏了动车的动力系统，有没有可能是破坏了信号系统。但动车的动力与信号系统使用两个不同的电源。动力系统电力来源为裸露的接触网，而信号系统的电源为10千伏，使用绝缘电缆，即使架空，高度也比接触网的高度要低，被雷击的几率极低。同时，列车还应有电池组等后备电源，因此如果信号系统失灵几乎不可能是雷击造成的。
疑问五：是否还有其他可能对信号系统造成破坏？
铁道部2007年就曾表示，中国自主研发的自动闭塞系统，可以控制同一条铁路上多列动车组安全间隔时间，防止列车追尾事故的发生，这套系统其实便是"中国列车运行控制系统（ChineseTrainControlSystem）"，目前国内所有的动车上都安装有至少一套CTCS系统。其主要作用就是连续检测前方道路情况，随时获取信号提示，在发生意外情况时自动制动，确保列车安全。
本次事故发生时，两列列车均使用CTCS2系统的状态中。CTCS下涵盖了多个子系统，其中ATC(列车自动控制系统)下的ATP(列车自动保护装置).起着安全把保护的功能。除CTCS信息控制系统之外，像京沪高铁等300公里级别线路还采用GSM-R专用无线通信系统。因D3115次动车和D301次动车是跨线运行的动车组，因此可判断，这两次动车组都拥有GSM-R系统进行通信。而多个系统同时失效的可能性微乎其微。
疑问六：有没有是人为调度的因素？
根据中国铁路客户服务中心网站的列车时刻表，D3115到达温州南的时间应该比D301次更晚。即使发生追尾，也应该是D3115撞击D301，而非D301撞击D3115。且事故发生时间为20:27分，说明两辆列车均已严重晚点。两辆列车为何晚点，为何前后车顺序颠倒，至今未有答案。
除D3115次和D301前后颠倒的行驶时间外，有观点认为，可能是列控中心发出了错误指令，导致后车不能及时停下来。因为当雷击造成机车失去动力或者信号系统失效时，轨道上的系统仍然运行，调度中心显示屏上仍然可以清楚地看到运行状态。在列车因雷击出现故障时，调度平台会有报警信号警示值班人员，要求调度人员命令后续车辆全部停运。如果排除人为破坏或者调度中心系统死机，调度失误或不及时，可能也是事故发生的原因之一。
疑问七：这么说是否认为调度失误的可能性很大？
不能。海恩法则指出：每一起严重事故的背后，必然有29次轻微事故和300起未遂先兆以及1000起事故隐患。而墨菲定律则认为"凡是可能出错的事必定会出错"。即便再微小的失误和疏忽，结合在一起就可能酿成大错。从以上多个疑问看，不能用任何孤立的原因来解释这起事故。同样，雷击即便是造成事故的起始因素，但也不能认定是造成事故的直接原因。
疑问八：粗暴对待损毁的车头是否合法？
针对掩埋车体是"毁灭证据"的质疑，铁道部发言人王勇平称，现场掩埋坠落车头是为了给后续救援车辆提供方便的地形条件。然而中华人民共和国《铁路交通事故应急救援和调查处理条例》规定："任何单位和个人不得破坏事故现场，不得伪造、隐匿或者毁灭相关证据。"匆匆掩埋甚至仅仅是破坏作为"相关证据"的受损车头明显不合法。
疑问九：被拆解的车头、车厢是否毫无价值？
7月25日晚，挖掘机开始对追尾事故现场的列车车厢残骸进行拆解。无论拆解车厢还是掩埋车头，对于下线时间只有短短四年的CRH2动车组，从收集各项事故参数进行技术研究的角度看，这起事故的任何残存实物无疑都是宝贵的资源。特别是目前铁道部一方面初步判断事故原因是动车遭到雷击后失去动力停车，造成后车追尾；另一方面又强调从技术设计层面列车不应该发生追尾，原因只能在调查之后再透露，受损车头理应成为调查事故原因的关键部件。作为世界上最安全的交通工具——飞机，仍旧会在一次次空难后收集任何一块能够找到的碎片，用于分析事故原因，以便吸取教训、改进设计、完善制度，让飞机变得更安全。发生如此严重追尾事故的动车车头却用来填平泥潭或者匆匆拆解，不能不令人惋惜。
疑问十：为何迟迟不能公布死亡人数？
本次追尾事故造成的人员伤亡数字一直存有争议，谣言满天飞却难有服众的数字让人信服。对于从今年6月1日起便施行实名制购票的动车组来说，这个现象委实匪夷所思。只需根据实名对比，一节车厢的载客人数、受伤人数、死亡人数、失踪人数本应一目了然，现在却依旧含含糊糊模棱两可，综合各家媒体都很难有一个相对完整的死伤人名和数目。
中国为美国旧金山建造的奥克兰海湾大桥东段，在交工前被美方要求用最顶尖的科技手段验收检测，结果令美国心服口服；但中国京沪高铁防雷技术和电弓接触网却不过关。而如何避免追尾是火车安全运行最基本的要求，事故发生后原因却疑点重重，施救过程粗糙缺乏科学，血的代价又何以能换来真正的教训。
