开展水功能区水质监测工作是《中华人民共和国水法》赋予水行政主管部门的重要职责。按照水功能区管理要求，浙江省水利厅已批准了省水文局编制的《浙江省水功能区水质监测规划》。为切实做好《规划》的实施，进一步加强全省水功能区水质监测工作，促进水资源的有效保护，保障城乡饮用水安全，1月4日，浙江省水利厅发出《关于落实浙江省水功能区水质监测规划有关工作的通知》，部署实施全省水功能区水质监测规划，并提出具体要求：。
一是要认真组织落实《规划》的实施工作，加快水功能区水质监测站点的布设，对《规划》中明确的全省700个水功能区水质监测站点分三年（2008～2010年）完成布设建设，并开展日常监测工作，满足水功能区管理要求。
二是要加强水功能区日常水质监测工作。水功能区水质监测站点实行水质水量同步监测，各地在建设监测站点时要布设水尺或水位台，以便在水质监测的同时进行流量测定。水功能区水质监测频次应不少于每两月一次，饮用水源区等重要水功能区应增加监测频次，市、县的集中式饮用水源地应不少于每月一次。监测过程中一旦发现有异常情况或发生水污染突发事件，应加密监测频次，跟踪水质动态。
三是要认真做好水功能区水质通报。省级每二个月发布一期，各市均应定期开展水功能区水质通报的编制和发布。县级水质监测站点监测成果应在当月月底前上报市水行政主管部门，市水行政主管部门应在次月5日前将本行政区域内省控水功能区水质水量监测成果报省水文局。
四是要加强水质监测能力建设，加快水资源监测分中心的建设，尽快建立符合标准化、规范化要求的实验室，配置和完善监测仪器设备，逐步提升水资源监测能力。
五是水功能区水质监测站点实行分级管理，省级监测站点监测经费由省里落实；市、县级监测站点的建设和日常监测经费分别由市、县负责，省里视实际情况给予适当补助。
