2006年12月6日，科技部基础研究司组织以秦蕴珊院士为组长的专家组在同济大学对海洋地质国家重点实验室的建设进行了验收。专家组听取了实验室主任翦知湣教授关于实验室建设的工作汇报，现场考察了实验室建设情况并与实验室相关人员进行了座谈。基础研究司叶玉江副司长和教育部科技司、上海市科委、同济大学有关负责同志及实验室研究人员参加了会议。
海洋地质国家重点实验室是科技部2005年3月正式批准立项建设的22个国家重点实验室之一。实验室根据国家海洋战略需求与学科发展前沿趋势，围绕海洋及相邻陆区的环境演变与海底资源的总目标，通过研究方向、学术目标和研究重点的进一步凝练，形成了“古海洋学与古环境研究”、“大陆边缘演化与海洋沉积学研究”、“海底资源研究”、“深海生物地球化学研究”等四项研究方向，在海洋地质和海洋地球物理研究中成绩卓著，努力打造成以深海基础研究为特色的学术基地。
建设期间，实验室通过公开招聘实验室主任、积极培养与引进人才等措施，建成了一支高效精干、专业结构合理、多学科交叉的研究队伍。实验室现有固定人员37人，其中教授22人、副教授8人、讲师3人，包括中国科学院院士2人、教育部“长江学者”特聘教授和国家杰出青年基金获得者2人、教育部跨世纪/新世纪人才计划入选者7人。
实验室在建设期间科研工作进展迅速，成果突出，新承担科研项目42项，合同经费总额约2020万元；在国内外学术期刊发表论文105篇，其中SCI收录36篇。
依托单位同济大学在实验室人才引进、建设经费和后勤保障等方面给予了大力支持。通过教育部“985工程”投入近2000万元的建设经费，并还将投入2000万元经费，用于实验室的中长期建设。实验室现有科研用房面积约4500平方米，仪器设备原值超过3000万元。实验室在建立学术委员会的同时，设立国际专家咨询组，从国际层面对实验室的发展战略和规划提供决策咨询。实验室在人员聘用、仪器设备管理和国内外开放合作等方面也都有切实可行的运行管理制度。
专家组充分肯定了实验室建设期所取得的成绩，认为该实验室已在研究方向凝炼、人才队伍建设、研究水平提升、科研成果产出、基础条件建设与实验室管理等方面达到了预期的建设目标，一致同意通过建设验收。
