按照国家电网公司部署，国网南京自动化研究院于2006年8月办理了有关章程报批和工商行政管理部门审核，完成由“国电自动化研究院”更名为“国网南京自动化研究院”的全部程序，并于2006年9月启用国网南京自动化研究院及各部门各研究所印鉴。
国网南京自动化研究院是国家电网公司直属的专业从事电力系统及其自动化和水利水电工程测控领域理论研究、新技术应用和新产品开发的综合性重点研究开发机构，是国家科技部“国家电力自动化工程技术研究中心”和国家发展和改革委员会“电力系统自动化-系统控制和经济运行国家工程研究中心”的依托单位。国网南京自动化研究院经历了“南京自动化研究所”、“电力工业部电力自动化研究院”、“国家电力公司电力自动化研究院”、“国电自动化研究院”四个重要发展阶段，随着我国电力事业的发展、电网建设的发展而发展、壮大。
2006年，国家电网公司进一步加强科技工作，通过明确功能定位及相应变更名称，向直属科研单位提出了更高要求。更名后，国网南京自动化研究院将更加牢记肩负的责任和使命，继续坚持为国家电网建设和运行提供有力技术支撑服务的宗旨；继续坚持自主创新，科研开发与高新技术产业协调发展的思路；继续坚持科研立项与电网发展需要相结合，成果转化与产业发展相结合的经营理念，为国家电网公司建设“一强三优”现代公司做出更大贡献。
南京南瑞集团公司是国网南京自动化研究院为促进科研成果产业化而创建的高新技术企业，是“国家火炬计划重点高新技术企业”和“国家规划布局内重点软件企业”，具有“计算机信息系统集成一级资质”和“涉及国家秘密的计算机系统集成资质”，跻身“中国软件企业100强”、“中国独立软件开发企业30强”，是国家信息产业部评定的20家全国“优秀计算机信息系统集成企业”之一，2006年1月，南瑞被国家科技部列为首批国家级企业研究开发中心。国网南京自动化研究院印鉴启用，不影响南京南瑞集团公司及各部门各分公司名称，南京南瑞集团公司及各部门各分公司名称不变，印鉴不变。
