为加强飞船返回调姿、制动段的测控可靠性,调配了一套机动式测控设备到纳米比亚站,与原有设备共同执行任务,在远距离导引段可以分别对飞船和目标飞行器进行测控,在返回段两套设备互为备份。
为进一步延长航天员手控对接过程的测控通信连续覆盖,三艘测量船在二次对接前进行机动,三船形成连续搭接覆盖,首船远望五号与青岛站搭接,形成了自纳米比亚站起至远望六号结尾的长达54分钟的地面测控资源连续搭接覆盖。
为适应载人及手控对接任务要求,在神舟八号任务基础上,对飞控中心的任务软件系统182个进程中的69个进行了适应性更动,并进行了严格的第三方评测和多次协同演练的检验。