我国分析仪器企业在软件的研发上存在很多困难：
1. 分析仪器的软件开发需要多方面的人才和知识基础。如开发一个近红外分析软件除了需要较高水平的软件工程人员外 , 还需要光谱学、光谱仪器学、化学计量学算法、样晶资源、化学分析等专业人员。软件提供给用户后还需要软件维护、模型的转移、修改的专业人员 , 这是我国目前分析仪器厂家所难以承受的。
2. 由于我国软件的价值逐步提高 , 软件开发人员缺乏。此外 , 我国现有的知识产权保护办法不够完善 , 软件人员的价值不能充分体现。一般分析仪器广家无法稳定软件专业人员 , 人员流失严重。
3. 我国分析仪器的软件基础相当薄弱 , 缺乏相应的开发工具软件 , 所有的编程几乎都要从头做起。 4. 对分析仪器中软件的作用的认识还不统一 , 甚至还有认为“搞软件不花钱” , 软件开发经费不足。
“十五”计划中应注意支持分析仪器的软件研发和产业化。
鉴于软件在现代分析仪器中的作用与目前分析仪器软件开发基础薄弱 , 现有的企业难以完成高水平分析仪器的软件开发。国家应在“十五” , 计划中重点支持分析仪器基础软件的研发和产业化 ,
国家对分析仪器软件开发的支持可以包括：
首先 , 国家组织力量 , 联合攻关 , 建立我国分析仪器软件的标准 , 如数据的格式标准、分析仪器数据库的标准、分析仪器通讯协议的标准等。作为发展我国分析仪器软件的基础。
其次 , 国家在“十五” , 计划中投资支持“产、学、研”组织力量 , 联合攻关 , 研究、开发分析仪器的基础软件 , 包括基础数据库、分析仪器软件基础组件库 ( 包括分析仪器基础硬件的驱动程序、基础的数学算法包括矩阵运算、统计运算等 , 以及仪器分析的化学计量学算法、分析数据的前处理算法、分析结果的报表生成、图谱输出等分析仪器通用的基础组件 ); 此外国家应支持开发建立适合我国仪器行业进行软件二次开发的平台。各分析仪器企业可以充分利用国家应投资支持开发的分析仪器基础软件，可以根据需要按一定的方式方便地得到开发平台，作为软件开发工具，应用基础数据库和组件库的有关组件 , 只要另行开发一些专用的组件 , 进行系统集成 , 就可完成企业自己软件的开发。由于企业的软件开发人员可以利用软件开发工具与大量基础组件，可以大大降低软件开发的工作量与开发成本 , 开发出高水平的软件 , 提高仪器的水平。按这样的运做方式 : 国家投资 , 分析仪器全行业得益 , 提高仪器分析行业的整体水平。
此外 , 应成立一些非盈利为目标的开发服务中心 , 运用网络技术，通过远程分析、远程教学、远程诊断等远程服务方式 , 提供必要的数据、技术、模型，帮助企业开发分析仪器软件、帮助仪器软件的用户用好仪器与软件。软件的竞争主要是人才的竞争，在软件人才的引入与稳定方面各单位应给予支持。
